知名律師、也是「馬友友」的陳長文，在媒體撰文痛批柯文哲的查弊行動，指政黨輪替若變成清算大會，還有企業敢參加政府的公共工程嗎？台北市還需要建設嗎？優質的廠商也會怯於參與政府的建設，形成劣幣驅逐良幣的效果。陳長文為馬、郝鳴不平可以理解。但國民黨壟斷市政16年，留下一堆爛攤子和高度爭議的案件，繼任者展開全面清查，無非就事論事，是負責任的做法，否則政黨輪替有何意義？
柯文哲一上任即積極查弊，目的當然不是為了政治報復或清算，而是藉此打破市政黑箱運作，拆穿政商掛勾內幕，讓特權壟斷無所遁形，以回應社會普遍期待，還市民公平正義，這不正是柯文哲高票當選的主因嗎？想想看，如果連勝文當上台北市長，這些弊案會浮出檯面、還查得下去嗎？
如果把陳長文所說的清算前朝，拿來形容馬政府上台後對扁朝的司法羅織與追殺，反而是更貼切的說法。馬政府上台後，對前朝進行無情的政治清算，窮追猛打，手段粗殘，有如政治大獵殺。許多扁朝官員遭到政治、媒體、司法三合一聯手追擊，因此身繫牢獄，身敗名裂，歷經漫長官司煎熬，最終還其清白之例甚多。這些遭惡質整肅的公僕，家毀人病，妻離子散，有誰還其公道？當年的陳長文曾表達關心，反對政治清算嗎？
陳長文說，台北市政府或綠營人士透過北市府釋放的許多片面資訊，是「先射箭再畫靶」、「先定罪再論證」，先以否定的態度，透過電視名嘴捕風捉影以及網路鄉民的反商心結，來否定前任的所有建設，甚至上綱為圖利、貪汙，連帶圍剿和前政府有合作關係的企業。陳長文意圖將柯的查弊行動，和名嘴及網民的反商言論做聯結，毫無事實根據，用意在否定、貶低查弊正當性。陳長文的指控，不正是馬政府追殺前朝的慣用手法？拿來批評柯文哲，無非小人之心，度君子之腹。